Alla base di molte avventure di Martin Mystère, c’è una sorta di “mitologia alternativa” che si riflette negli avvenimenti della serie. In tempi remoti, il mondo aveva già raggiunto e superato il nostro attuale livello tecnologico; la scienza di allora aveva, tra l’altro, scoperto la natura e i meccanismi di quella che ora chiamiamo “magia”, e certe energie oggi sconosciute venivano normalmente utilizzate. Le nazioni che popolavano la Terra erano schierate in due blocchi, Atlantide (con molte caratteristiche dell’attuale Occidente) e Mu (con caratteristiche dell’attuale Oriente); la contrapposizione generò continui focolai di guerra, combattuta facendo uso di un arsenale di armi fantascientifiche. Dodicimila anni fa, il conflitto si fece globale; a seguito dell’uso di potenti ordigni nucleari, le superpotenze scatenarono uno spaventoso cataclisma a livello planetario, poi ricordato nella leggenda platonica di Atlantide. Con il trascorrere dei secoli, i superstiti cominciarono a riorganizzarsi, dando origine alla nostra attuale civiltà. Mystère si è imbattuto più volte in reperti che provano l’esistenza di Atlantide e di Mu, ma ogni ritrovamento è stato sistematicamente distrutto dagli Uomini in Nero, i quali temono che la divulgazione di questi avvenimenti remoti conduca a un radicale cambiamento del modo di pensare dell’attuale umanità.